gave the German Paydirekt a test, the verification of adding a device to the Account can be done via photoTAN in the browser as this was my 2fa technique. The App informs on first startup that the device is deviating from manufacturer defaults, I’ll quote
… möchten wir Sie darauf hinweisen, dass Ihr Gerät potentiell von den Herstellervorgaben abweicht. Somit ist es gegebenenfalls schwächer vor unberechtigten Zugriffen geschützt
I think a good compromise, rather let the user make the decision and not disable custom roms.